Il trapianto di cellule staminali può essere:

• Autologo, quando donatore e ricevente sono la medesima persona.   
• Allogenico, quando le cellule provengono da un altro individuo. Il donatore può essere un parente del paziente, idealmente un gemello, o altrimenti un fratello, una sorella o, agli estremi, anche un estraneo purché compatibile. 

In caso di trapianto autologo, non esistono problemi di compatibilità, in quanto le cellule che vengono trapiantate vengono riconsosciute come “self” (proprie) dall’organismo del ricevente.
In caso di trapianto allogenico, invece, è necessario che il donatore sia compatibile con il ricevente. In caso contrario, si verifica il rigetto del trapianto ed il ricevente può andare incontro a gravi conseguenze che possono culminare nel cosiddetto “Graft versus Host Disease” (Reazione del trapianto verso l’ospite), una condizione potenzialmente fatale nella quale il sistema immunitario del donatore riconosce come estranei i tessuti del ricevente e li attacca.

La compatibilità tra donatore e ricevente viene determinata dal sistema HLA (Human Leucocyte Antigens o Antigeni Leucocitari Umani), costituito da una serie di molecole che si trovano sulla superficie cellulare. Tali molecole, se vengono in contatto con cellule immunitarie di un’altro individuo non compatibile, le riconoscono come estranee ed attivano una risposta immune. È questa risposta immune che determina il rigetto del trapianto e l’insorgenza di complicazioni che possono portare anche alla morte del paziente. Per tale motivo, prima di eseguire un trapianto allogenico, risulta di fondamentale importanza accertare la compatibilità degli antigeni HLA (ognuno di noi ne possiede almeno 6) tra donatore e ricevente. 

In caso di trapianto allogenico (ovviamente in caso di trapianto autologo, il problema non si pone) le staminali del cordone ombelicale presentano un minor rischio di GVHD, in quanto tali cellule sono immunologicamente meno mature di quelle del midollo. È ormai scientificamente dimostrato che, affinché un trapianto di staminali cordonali vada a buon fine, è sufficiente la presenza di 4 antigeni compatibili su 6 tra donatore e ricevente. Pertanto, se un nucleo familiare dispone di un campione di staminali cordonali, ci sono maggiori probabilità che esso sia compatibile, e quindi trapiantabile in un altro componente di questo nucleo familiare, nel caso ce ne sia la necessità.